국세청, 사무장병원 576억 부가세 징수 방치…466개 의료기관 관리 공백

국세청이 국민건강보험공단으로부터 사무장 병원 적발 자료를 넘겨받은 뒤 부가가치세 징수 업무를 방치해 최대 576억 원 규모의 세금을 걷지 못하거나 거둘 수 없는 상황으로 내몰린 사실이 드러났다.

감사원이 최근 공개한 국세청 정기감사 결과에 따르면, 국세청은 2020년부터 2024년까지 건보공단으로부터 의료법 위반으로 부당이득금 환수 처분을 받은 의료기관 관련 자료 573건(466개 기관)을 전달받았다. 현행법상 정상적인 의료기관이 제공하는 의료보건 용역은 부가가치세가 면제되지만, 대법원 판례에 따르면 사무장 병원 등 의료법 위반 수단을 통해 부당이득을 취한 기관은 면세 대상에서 제외된다. 그럼에도 국세청은 이들의 과세 여부를 확인하거나 부가가치세를 부과하는 절차를 수행하지 않은 것으로 확인됐다.

감사원은 국세청이 건보공단의 환수 처분 자료를 체계적으로 관리하지 못한 점과 부가가치세 부과 대상을 선별적으로 점검하지 않은 점을 지적하며, 수백억 원에 달하는 세원이 유출될 위험이 있다고 경고했다. 이번 감사 결과를 두고 국세청 징수 업무의 체계적 관리 실패가 초래한 구조적 문제라는 지적이 나오고 있다.